MES本身的效益會通常說在項目執行之后6-12個月這段時間體現出來。比如數據的準確性提高了，以前紙上的作業不需要了，交貨提前期也優化了，庫存的持有成本降低了，原來可能是生產線是一鍋粥，現在是非常清楚。庫存的持有成本降低、質量的提升，當然還有產品生命周期的改善，這些都是可以通過計算得到的。
關于MES實施周期和效益的分析，是從長遠來看這個效益的。在企業上了MES系統的1～3年里，由于企業產品質量和服務水平的提升，從市場爭取到了更多的市場份額，這個是很難用數據去計算的。這個模型還做了進一步的分析，成功上一套MES系統所帶來的收益是投資額的5~10倍左右。
將來企業的競爭將是供應鏈之間的競爭。供應鏈上的效益，不能說完全來自與MES，但MES是當中不可分割的部分。在三到五年或者更長的時間里面，可以凸現出來MES對供應鏈的貢獻。為什么這么說呢?在電子商務當中，數據和生產計劃的共享，在整個鏈條上，由MES產生的綜合效益，投資回報將遠大于投資額度。
上了MES系統后，將來可能就會出現供應商的生產可以開放給企業，企業的生產可以開放給他的客戶，客戶就可以非常清楚的知道什么時候發貨，他對他下游的客戶也有非常好的承諾。對這一系列連鎖反應帶來的效益是很難去衡量的。
