實施MES制造執行系統可能是一項艱巨的任務，因為在許多情況下，該系統充當車間和管理層之間的橋梁，并直接介入生產過程。由于軟件和實施成本較高，MES項目也可能非常昂貴。
生產公司投資于MES系統的一些主要原因是為了提高制造效率，提高質量，重要的是減少制造過程中的變化，減少導致停機和劣質產品的缺陷和事件的數量，縮短產品生產時間、改善產品質量、降低成本，可以為制造商和用戶帶來巨大利益。
MES制造執行系統的效益分析主要可以以下幾個層面做區分：
1. 現場控制的效益方面:
(1) 減少設置(set-up)的時間;
(2) 滿足管理控制上和質量承諾上的需求;
(3) 消除紙上作業和因紙上作業所產生的相關錯誤;
(4) 產能產出的時間減低;設備設置時間減低;
(5) 更容易對于資料作分析;
(6) 現場控制更容易;
(7) 可以用條形碼控制、分類、整合產品。
(8) 上層人員對于現場的控制、溝通更容易，對于即將發生的問題和未來加工的作業監控更易;
(9) 如使用計算機的方式一樣更準確的產生報表;
(10) 對于特定的操作員更容易追蹤其不良品的產生;
(11) 存貨控制、產品的可說明性(accountability)以及管理產能(yields)上更容易;
(12) 提高人員士氣讓他們對于工作感興趣;
(13) 現場人員的訓練更容易;
(14) 提高現場發生事件的可見度(visibility);
(15) 減少監督(supervision)的動作;
(16) 實時信息的取得可以使規劃和排程結果有更佳效果;
(17) 使操作員有整體觀，讓加工順序的信息流通于整個現場。
2. 規劃制程的效益方面：
(1) 彈性的反應顧客的需求;
(2) 提供敏捷(agile)制造;
(3) 可以獲得更高的銷售量而不必增加成本;
(4) 快速提供生產線上插單和排程資料;
(5) 滿足管理上的需求。
3. 企業上的效益:
(1) 償還(payback)時間增長使得資金調度更有空間;
(2) 邊際效益的改善;
(3) 對于帳本盈虧和產品邊際利益的取得有金融/績效上的利益。
因為MES能提供實時的監控以及將實時的信息與其他的信息系統(如生產流程規劃系統等)結合，使得某些潛在的利益能夠在工廠使用MES后浮現出來。效率科技MES系統能夠幫助企業實現精益化生產，解決交付問題，改善物料管理，提高物料流轉率，提高質量的控制能力。
