MES系統選型過程中應考慮的因素，應充分考慮到MES后期的集成，MES系統本身是一個分布式系統，它涉及了企業的及整個生產過程，是將其相關信息的全面集成，也實現了企業橫向過程的信息集成。與此同時，MES系統通過對計劃執行與物料流、設備的監控、產品質量的監督和工藝系統的跟蹤和集成，實現企業各個層次之間縱向過程的集成。
目前MES系統的集成性發展面臨著諸多困難，但隨著應用企業、產品廠商、行業組織的共同努力，MES的集成性發展正向著良性的方向發展MES新型體系結構的發展，不斷推動著集成技術與功能的完善，以及標準的統一；MES系統的集成對象已經不僅僅是直接相關的ERP、車間設備自動化系統等信息系統，現在已經開始逐漸將應用企業的更多相關的信息系統集成進來，向著企業統一的信息平臺邁進，這也為集成功能的完善提供著額外的動力。然后，更多的企業將國際化、全球化列為了戰略目標，全球化工廠的信息系統集成問題也相應產生，MES系統的應用與集成相應也逐漸演變為了全球化的信息系統與集成。
在MES系統與自動化系統的集成方面，目前很多企業還是過于注重技術本身，而忽視了MES系統與周邊系統業務管理在功能上的協同性與業務邏輯的完整性。比如，訂單全生命周期的跟蹤、產品代碼的統一、成本拋帳規則的建立，對應MES制造指令底層自動化系統的細化與分解等，都要求進行整體的應用邏輯設計與集成，而不僅僅是數據交換那么簡單。
MES系統同車間設備自動化系統的集成，需要面對各種不同設備的系統。這就造成MES與下層系統地集成困難，雖然該標準還有待完善，但它定義了集成的慣例，為MES系統同下層系統的集成提供了依據。業務到制造標記語言規范就是該標準內容的一個執行標準。該規范定義了系統間的集成的內容、格式，使得各個系統具備了一致無歧義的標簽，這樣數據能夠實現重復利用，使得共享程度更高。
MES系統核心服務層依然在執行既定的數據采集、產品批次追溯、譜系建立的任務，但是因為系統集成之后，通過來進行數據采集，驅動生產批次運轉的MES工作流不變，MES系統的基礎服務以及事務不變，通過集成接口，本次集成項目，實現了與具體型號的PLC無關性，使得MES系統獲得了的高度的靈活性以及可移值性，可以說MES與PCS系統集成的成功，充分驗證了企業內部異構系統間數據集成的可行性，為今后MES與底層控制系統的協同工作指引了方向，MES系統與ERP和底層控制系統之間的異構題目，使系統更具開放性、可集成性、融合的更緊密。
