MES系統設計和項目實施，跟產品標準化一樣，是一條布滿荊棘的路。
1、工藝及生產組織的難點及對策
無論是離散型制造業還是流程型的特點是工藝路線復雜及生產組織管理困難，一個零件往往要經過多道工序加工才能完成。另外生產組織管理也十分復雜，如免檢工作中心、報檢即報工、首工序送料、輔助班組和工具班組等等。
針對上述工藝加工及生產組織管理特點，分別必須采用不同的設計對策。首先采用RFID技術，解決操作工與班組、操作工與所取加工任務及報工報檢、一工序多工步、物料跟蹤與驗證、批次分拆等數據采集問題;其次PDA結合條碼技術解決各種工序加工及生產組織管理流程處理難點及效率問題;再次，在程序設計時，采用嵌入式技術設計終端，采用分層設計技術及多線程同步技術訪問與上下層信息接口，實現數據的“上傳下達”及信息共享。
2、項目管理風險及對策
MES系統項目的實施涉及到工藝、生產、車間、質量、倉庫、采購、計劃等企業運營的核心部門，項目實施的范圍廣、參與人員多、周期長，所以在項目實施前應充分考慮到項目的風險，并尋求資源給予控制。風險主要存在選型不當、需求出現較大偏差、不切實際的期望、業務部門參與度低、不認可和接受工作習慣的改變、數據準備的工作量大以及管理層的支持度低等多方面。
因此，在實施前和過程中，必須有準備地找出解決的對策。
